Басқару аппаратының құрылымына келесі бөлімшелер мен бөлімдер кіреді:
- Әкімшілік бөлімі
- Заң секторы
- Техникалық сектор
- Шаруашылық қызмет
- Күзет қызметі
- Баспасөз қызметі.
Басқару аппараты өз қызметінде Қазақстан Республикасының қолданыстағы заңнамалық актілерін, ережесін және лауазымдық нұсқаулықтарын басшылыққа алады.
Басқарма аппаратының функциялары мен міндеттері:
- профессор-оқытушылар құрамы лауазымдарының, құрылымдық бөлімдер жетекшілері лауазымдарының конкурстан өткізуді ұйымдастыру;
- университет қызметкерлерін аттестаттау, әскерге шақырылушылар мен әскери міндеттілердің әскери есебін жүргізу;
- еңбек және орындаушылық тәртіптің сақталуын бақылау;
- құжат айналымын жүргізу;
- қолданыстағы заңнаманың сақталуын қамтамасыз ету, университеттің шаруашылық қызметін құқықтық сүйемелдеу;
- оқу процесінің материалдық-техникалық базасын қамтамасыз ету;
- электр жылу шаруашылығына жедел қызмет көрсету;
- барлық оқу ғимараттары мен жатақханалардың өртке қарсы жай-күйі, қауіпсіздік техникасы және экологиялық жағдайды жақсарту;
- коммуналдық қызметтерді ұсыну, ҚТҚ шығару бойынша жеткізушілермен шарттар жасасу;
- ғимараттар мен құрылыстарды күрделі және ағымдағы жөндеуге сметалық құжаттаманы жасау және тексеру, тендерге шығарылатын жөндеу-құрылыс және монтаждау жұмыстары бойынша қажетті құжаттарды дайындау, олардың сапасы мен орындалу мерзімдерін бақылауды жүзеге асыру
- қойма арқылы өтетін барлық материалдық құндылықтарды сатып алу, дұрыс бөлу және жұмсау, қойма шаруашылығының жұмысын дұрыс ұйымдастыруды жолға қою;
- материалдық құндылықтардың келуі мен шығысы бойынша құжаттаманың дұрыс ресімделуін және пайдалану мерзімдеріне сәйкес есептен шығарылуын бақылау;
-барлық оқу ғимараттары мен жатақханалардың санитарлық-гигиеналық, өртке қарсы жай-күйін, қауіпсіздік техникасын және экологиялық жағдайды жақсартуды қамтамасыз ету;
- М. Өтемісов атындағы БҚУ-де өткізілетін оқу, ғылыми, мәдени-бұқаралық, ақпараттық, мерекелік және өзге де сипаттағы іс-шараларды автокөлікпен қамтамасыз ету;
- персоналдың қауіпсіздігін қамтамасыз ету және материалдық құндылықтарды қорғау;
-университеттің қызметі туралы пресс-релиздерді, бұқаралық ақпарат құралдары үшін өзге де ақпараттық материалдарды ұйымдастыру және дайындау.
